Cunda Adası’nın girişinde bulunan Boğaz Köprüsü’nden 2,3 km ileride yer alan tepede bulunan Agios Yannis Kilisesi, bu bölgenin tarihini anlatan başka bir yapıdır. Aşıklar Tepesi denilen bu alanda yer alan kilise, Edremitli iki keşişin tepeyi keşfederek Aziz Yahya (St. John) anısına yaptıkları bir yapı olduğu bilinmektedir. 1944 yılında meydana gelen depremde çatısı çökmüş ve oldukça büyük bir hasar almıştır. Uzun yıllar bir harabe görünümde kalan tarihi kilise, Rahmi Koç Müzecilik ve Kültür Vakfı tarafından 1997 yılında himaye altına alınarak onarımına başlanmıştır. Çevresinde bulunan değirmenin de restore edilmesi ile bugünkü durumuna ulaşmıştır. Kilise restorasyonu sonrasında Muhtar Kent’in babası Necdet Kent’in kitaplarını bağışlamasıyla içeride Sevim ve Necdet Kitaplığı açılmıştır. Bu alanda keyifle kitaplarınızı okuyabileceğiniz bir ortam, cafe ve internet erişimi de bulunmaktadır.

1989 yılında I. Derece sit alanı ilan edilmiştir. Kesme taşlar ve tuğlalar kullanılarak yapılmış olan yapı, müzeye bağlı olarak işletilmektedir. Şapele ait ikon resimler, objeler, kilisenin eski ve yeni resimleri de kitaplar arasında seyirlik olarak sergilenmektedir. Restorasyon kazıları esnasında Hz. Muhammed ve Kıyamet Alametlerinin anlatıldığı el yazması kitap ile bir kilise çanı bulunarak, sergilenmek üzere müzedeki yerini almıştır.

Şapel yanında ki değirmenler de bu restorasyondan nasibini alarak, temelleri üzerinden yeniden güncel görünümlerine kavuşmuşlardır. Kilisenin bulunduğu alan güzel bir manzaraya da sahip. Çevreye hakim olan tepeden Hasır Adası, Çataltepe ve Tavuk Adası rahatlıkla izlenebilir.